MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4b

Total Repeats: 2501

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011991	TGAA	2	8	35	42	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011991	TCG	2	6	43	48	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011991	TC	3	6	74	79	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_011991	AAC	2	6	208	213	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011991	GCG	2	6	244	249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011991	TCGA	2	8	330	337	25 %	25 %	25 %	25 %	222109118
7	NC_011991	CAG	2	6	368	373	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109118
8	NC_011991	CAG	2	6	437	442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109118
9	NC_011991	GCT	2	6	495	500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109118
10	NC_011991	A	6	6	523	528	100 %	0 %	0 %	0 %	222109118
11	NC_011991	CGG	2	6	540	545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109118
12	NC_011991	GCCT	2	8	599	606	0 %	25 %	25 %	50 %	222109118
13	NC_011991	ATC	2	6	631	636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109118
14	NC_011991	GAC	3	9	680	688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109118
15	NC_011991	TCG	2	6	848	853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109118
16	NC_011991	GGT	2	6	866	871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222109118
17	NC_011991	TTC	2	6	987	992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222109118
18	NC_011991	TC	3	6	1019	1024	0 %	50 %	0 %	50 %	222109118
19	NC_011991	CGT	3	9	1037	1045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109118
20	NC_011991	CCG	2	6	1056	1061	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109118
21	NC_011991	TGC	2	6	1094	1099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109118
22	NC_011991	TCT	2	6	1178	1183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222109118
23	NC_011991	GGT	2	6	1187	1192	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222109118
24	NC_011991	AAG	2	6	1195	1200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109118
25	NC_011991	TTG	2	6	1279	1284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222109118
26	NC_011991	TCC	2	6	1288	1293	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222109118
27	NC_011991	GAT	2	6	1325	1330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222109118
28	NC_011991	ATGG	2	8	1437	1444	25 %	25 %	50 %	0 %	222109118
29	NC_011991	GGGC	2	8	1485	1492	0 %	0 %	75 %	25 %	222109118
30	NC_011991	CTG	2	6	1530	1535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109119
31	NC_011991	TGA	2	6	1630	1635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222109119
32	NC_011991	GCC	2	6	1637	1642	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109119
33	NC_011991	TTCA	2	8	1721	1728	25 %	50 %	0 %	25 %	222109119
34	NC_011991	CAA	2	6	1740	1745	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222109119
35	NC_011991	TGC	2	6	1753	1758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109119
36	NC_011991	CAG	2	6	1796	1801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109119
37	NC_011991	GGC	2	6	1849	1854	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109119
38	NC_011991	CCG	2	6	1864	1869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109119
39	NC_011991	TGCG	2	8	1872	1879	0 %	25 %	50 %	25 %	222109119
40	NC_011991	CGA	2	6	1927	1932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109119
41	NC_011991	GC	3	6	1993	1998	0 %	0 %	50 %	50 %	222109119
42	NC_011991	GCA	2	6	2020	2025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109119
43	NC_011991	CTGT	2	8	2057	2064	0 %	50 %	25 %	25 %	222109119
44	NC_011991	ATC	2	6	2120	2125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109119
45	NC_011991	AGC	2	6	2197	2202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109119
46	NC_011991	ACGA	2	8	2255	2262	50 %	0 %	25 %	25 %	222109119
47	NC_011991	GAA	2	6	2308	2313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109119
48	NC_011991	CGG	2	6	2320	2325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109119
49	NC_011991	GAAC	2	8	2366	2373	50 %	0 %	25 %	25 %	222109119
50	NC_011991	AGA	2	6	2404	2409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109119
51	NC_011991	TTG	2	6	2445	2450	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222109119
52	NC_011991	AAAC	2	8	2478	2485	75 %	0 %	0 %	25 %	222109119
53	NC_011991	AAAAG	2	10	2539	2548	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011991	CGT	2	6	2564	2569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_011991	CTT	2	6	2577	2582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011991	ACG	2	6	2707	2712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109120
57	NC_011991	GCG	2	6	2721	2726	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109120
58	NC_011991	TCAGG	2	10	2774	2783	20 %	20 %	40 %	20 %	222109120
59	NC_011991	GAT	2	6	2802	2807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222109120
60	NC_011991	GC	3	6	2827	2832	0 %	0 %	50 %	50 %	222109120
61	NC_011991	CCT	2	6	2848	2853	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222109120
62	NC_011991	ACT	2	6	2877	2882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109120
63	NC_011991	TCG	2	6	2988	2993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109120
64	NC_011991	CGC	2	6	3113	3118	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109120
65	NC_011991	GAG	2	6	3133	3138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109120
66	NC_011991	CGC	2	6	3172	3177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109120
67	NC_011991	CGG	2	6	3214	3219	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109120
68	NC_011991	GAG	2	6	3250	3255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109120
69	NC_011991	CCG	2	6	3306	3311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109120
70	NC_011991	CGA	2	6	3354	3359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109120
71	NC_011991	CTT	2	6	3367	3372	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222109120
72	NC_011991	CGA	2	6	3375	3380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109120
73	NC_011991	TCA	2	6	3383	3388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109120
74	NC_011991	AGC	2	6	3424	3429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109120
75	NC_011991	TGC	2	6	3432	3437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109120
76	NC_011991	AGCG	2	8	3442	3449	25 %	0 %	50 %	25 %	222109120
77	NC_011991	GGC	2	6	3619	3624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109120
78	NC_011991	CG	3	6	3666	3671	0 %	0 %	50 %	50 %	222109120
79	NC_011991	G	8	8	3767	3774	0 %	0 %	100 %	0 %	222109120
80	NC_011991	CGGC	2	8	3785	3792	0 %	0 %	50 %	50 %	222109120
81	NC_011991	CG	3	6	3866	3871	0 %	0 %	50 %	50 %	222109120
82	NC_011991	CAG	2	6	3959	3964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109121
83	NC_011991	GC	3	6	4140	4145	0 %	0 %	50 %	50 %	222109121
84	NC_011991	CG	3	6	4189	4194	0 %	0 %	50 %	50 %	222109121
85	NC_011991	CGTC	2	8	4197	4204	0 %	25 %	25 %	50 %	222109121
86	NC_011991	ATCCG	2	10	4247	4256	20 %	20 %	20 %	40 %	222109121
87	NC_011991	CAACG	2	10	4262	4271	40 %	0 %	20 %	40 %	222109121
88	NC_011991	CTCA	2	8	4289	4296	25 %	25 %	0 %	50 %	222109121
89	NC_011991	GAA	2	6	4333	4338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109121
90	NC_011991	ATC	2	6	4389	4394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109121
91	NC_011991	TCA	2	6	4423	4428	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109121
92	NC_011991	GCC	2	6	4445	4450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109121
93	NC_011991	GA	3	6	4451	4456	50 %	0 %	50 %	0 %	222109121
94	NC_011991	GGA	2	6	4562	4567	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109121
95	NC_011991	ATA	2	6	4596	4601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	222109121
96	NC_011991	GAAAT	2	10	4631	4640	60 %	20 %	20 %	0 %	222109121
97	NC_011991	GAG	2	6	4673	4678	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109121
98	NC_011991	GT	3	6	4696	4701	0 %	50 %	50 %	0 %	222109121
99	NC_011991	TGT	2	6	4727	4732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222109121
100	NC_011991	T	6	6	4738	4743	0 %	100 %	0 %	0 %	222109121
101	NC_011991	TCA	3	9	4747	4755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109121
102	NC_011991	TGAGT	2	10	4872	4881	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011991	CGT	2	6	4956	4961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109122
104	NC_011991	GGT	2	6	5043	5048	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222109122
105	NC_011991	GCGGGC	2	12	5055	5066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109122
106	NC_011991	CGA	2	6	5161	5166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109122
107	NC_011991	AAG	2	6	5167	5172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109122
108	NC_011991	CTG	2	6	5307	5312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109122
109	NC_011991	CCTGGA	2	12	5315	5326	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222109122
110	NC_011991	TGA	2	6	5369	5374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222109122
111	NC_011991	CGC	2	6	5382	5387	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109122
112	NC_011991	GAG	2	6	5505	5510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109122
113	NC_011991	GGA	2	6	5516	5521	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109122
114	NC_011991	TGCA	2	8	5539	5546	25 %	25 %	25 %	25 %	222109122
115	NC_011991	TG	3	6	5722	5727	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011991	TAC	2	6	5775	5780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_011991	AT	3	6	5825	5830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011991	ACGA	2	8	5851	5858	50 %	0 %	25 %	25 %	222109123
119	NC_011991	TCG	2	6	5901	5906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109123
120	NC_011991	CTC	2	6	6028	6033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222109123
121	NC_011991	GCC	2	6	6083	6088	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109123
122	NC_011991	CGG	2	6	6162	6167	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109123
123	NC_011991	GCCC	2	8	6260	6267	0 %	0 %	25 %	75 %	222109124
124	NC_011991	GCG	2	6	6320	6325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109124
125	NC_011991	CT	3	6	6374	6379	0 %	50 %	0 %	50 %	222109124
126	NC_011991	GAG	2	6	6409	6414	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109124
127	NC_011991	CCG	2	6	6439	6444	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109124
128	NC_011991	GCA	2	6	6454	6459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109124
129	NC_011991	CGG	2	6	6495	6500	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109124
130	NC_011991	GCGG	2	8	6658	6665	0 %	0 %	75 %	25 %	222109124
131	NC_011991	TCG	2	6	6674	6679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109124
132	NC_011991	GAC	2	6	6703	6708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109124
133	NC_011991	TCC	2	6	6754	6759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222109124
134	NC_011991	TCT	2	6	6769	6774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_011991	GAA	2	6	6841	6846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109125
136	NC_011991	GGCC	2	8	6897	6904	0 %	0 %	50 %	50 %	222109125
137	NC_011991	GGC	2	6	6906	6911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109125
138	NC_011991	TGG	2	6	6928	6933	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222109125
139	NC_011991	GCAG	2	8	7027	7034	25 %	0 %	50 %	25 %	222109125
140	NC_011991	GAG	2	6	7054	7059	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222109125
141	NC_011991	TAT	2	6	7080	7085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	222109125
142	NC_011991	CAG	2	6	7087	7092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109125
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144	NC_011991	GGC	2	6	7177	7182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_011991	GCC	2	6	7206	7211	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222109126
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181	NC_011991	CAT	2	6	8866	8871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_011991	AGT	2	6	9185	9190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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211	NC_011991	AT	3	6	10361	10366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
212	NC_011991	GCA	2	6	10458	10463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109129
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253	NC_011991	GCT	2	6	11997	12002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_011991	TAC	2	6	12116	12121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222109131
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260	NC_011991	CAA	2	6	12444	12449	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222109131
261	NC_011991	CG	3	6	12450	12455	0 %	0 %	50 %	50 %	222109131
262	NC_011991	GTG	2	6	12498	12503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222109131
263	NC_011991	GCG	2	6	12585	12590	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109131
264	NC_011991	TTC	2	6	12683	12688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222109131
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266	NC_011991	GGC	3	9	12765	12773	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109131
267	NC_011991	TCG	3	9	12778	12786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109131
268	NC_011991	GCG	2	6	12867	12872	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109131
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270	NC_011991	GCA	2	6	12945	12950	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109131
271	NC_011991	GCA	2	6	12972	12977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222109131
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275	NC_011991	GCT	2	6	13128	13133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109131
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388	NC_011991	TCA	2	6	19404	19409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
389	NC_011991	CGC	2	6	19501	19506	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
390	NC_011991	TCGGA	2	10	19507	19516	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
391	NC_011991	AAC	2	6	19584	19589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
392	NC_011991	GTG	2	6	19618	19623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
393	NC_011991	ACG	2	6	19679	19684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
394	NC_011991	CG	3	6	19683	19688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
395	NC_011991	CTT	2	6	19692	19697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
396	NC_011991	AT	3	6	19834	19839	50 %	50 %	0 %	0 %	222109136
397	NC_011991	GTTGC	2	10	19872	19881	0 %	40 %	40 %	20 %	222109136
398	NC_011991	CCTG	2	8	19891	19898	0 %	25 %	25 %	50 %	222109136
399	NC_011991	CGG	2	6	19980	19985	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109136
400	NC_011991	GAA	2	6	20033	20038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109136
401	NC_011991	GAA	2	6	20080	20085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222109136
402	NC_011991	TCC	2	6	20180	20185	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222109136
403	NC_011991	CGG	2	6	20371	20376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222109136
404	NC_011991	GAGC	2	8	20377	20384	25 %	0 %	50 %	25 %	222109136
405	NC_011991	GTC	2	6	20450	20455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222109136
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472	NC_011991	TCC	3	9	23825	23833	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222109138
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479	NC_011991	AAC	2	6	24242	24247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222109138
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481	NC_011991	AGGA	2	8	24292	24299	50 %	0 %	50 %	0 %	222109138
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498	NC_011991	T	6	6	25382	25387	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
499	NC_011991	TTAG	2	8	25484	25491	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
500	NC_011991	TGG	2	6	25692	25697	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222109140

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